Reanálise transcriptômica mostra remodelamento seletivo da imunidade local na papilomatose respiratória recorrente após imunoterapia com INO-3107

Programas citotóxicos CD8 e NK estavam menores no papiloma não tratado e aumentaram após a imunoterapia INO-3107, sem mudança comparável nos programas supressores TGF-β e M2.

Uma reanálise de três conjuntos públicos de transcriptoma investigou como os programas de expressão gênica imune se comportam na papilomatose respiratória recorrente (RRP) causada por HPV6/11, antes e depois da imunoterapia com INO-3107. Em 12 pares de papiloma e mucosa laríngea autóloga, os escores dos programas citotóxicos associados a CD8 e a células NK foram menores no papiloma (FDR = 0,0078 e 0,0386), enquanto o programa de imunossupressão por TGF-β foi maior (FDR = 0,0267). Nos 17 pares antes e depois do INO-3107, aumentaram significativamente os programas citotóxicos CD8 e NK, Th1/IFN-γ e de tráfego associado a CXCR3, sem mudança estatisticamente sustentada nos programas TGF-β e M2-like.

Contexto

A RRP é uma doença crônica do epitélio respiratório causada predominantemente pelos HPV de baixo risco 6 e 11, com lesões sobretudo laríngeas que recorrem apesar da cirurgia e causam disfonia, comprometimento da via aérea, anestesias repetidas e morbidade cumulativa. A remoção cirúrgica controla o problema imediato de via aérea, mas não elimina a infecção pelo HPV, e a persistência viral em pacientes imunocompetentes sugere papel importante da regulação imune local. Estudos do tecido de papiloma já haviam descrito atividade citotóxica de células T reduzida, desvio para respostas Th2 e de células T reguladoras, expressão de PD-1 e PD-L1, função alterada de células apresentadoras de antígenos e sinalização quimiotática supressora, além de TGF-β produzido no papiloma reduzindo a atividade de células NK. Ao mesmo tempo, células T reativas a HPV6/11 ainda estão presentes no tecido, o que sugere controle imune local incompleto e não ausência completa de linfócitos antivirais.

Como foi feito

Trata-se de reanálise de três conjuntos públicos de transcriptoma depositados no Gene Expression Omnibus, com um mesmo quadro de 12 programas imunes predefinidos e análises estatísticas mantidas separadas por conjunto. O GSE10935 (análise P1) trouxe 24 microarranjos de 12 pacientes, com papiloma e mucosa laríngea autóloga adjacente pareados, comparados por limma; o GSE261589 (P2 e S2) trouxe sequenciamento de RNA de célula única de papilomas de quatro doadores com RRP e mucosa faringopalatina de três controles, com 50.754 células após controle de qualidade, usando o doador e não a célula como unidade independente; e o GSE275788 (P3) trouxe 34 amostras de tecido de 17 participantes do estudo de fase 1/2 do INO-3107, uma antes e uma depois do tratamento, sendo 16 amostras pós-tratamento colhidas na semana 52 e uma na semana 47. O INO-3107 é uma imunoterapia de DNA que codifica antígenos E6/E7 de HPV6/11 junto com interleucina-12 e é administrada por via intramuscular com eletroporação. Os desfechos foram escores de programas imunes calculados pelo método singscore, com correção de Benjamini-Hochberg para múltiplos testes, além de análise genômica diferencial e análises de sensibilidade omitindo um par ou doador por vez.

O que encontraram

No tecido não tratado (P1), quatro dos 12 programas imunes primários diferiram entre papiloma e mucosa autóloga pareada. O escore do programa citotóxico associado a CD8 foi menor no papiloma (diferença = −0,071; IC 95% −0,108 a −0,034; FDR = 0,0078; d_z = −1,02) e o do programa citotóxico associado a NK também (diferença = −0,042; IC 95% −0,073 a −0,010; FDR = 0,0386; d_z = −0,81), mantendo a direção nas análises de sensibilidade. O escore do programa de imunossupressão por TGF-β foi maior no papiloma (diferença = 0,043; IC 95% 0,013 a 0,073; FDR = 0,0267; d_z = 0,99), e o programa cGAS-STING/IFN-I também foi maior (diferença = 0,045; IC 95% 0,014 a 0,075; FDR = 0,0267; d_z = 0,98), achado que os autores classificam como inesperado e não interpretam como aumento de atividade antiviral. A análise genômica pareada identificou 890 genes com FDR < 0,05.

Na análise exploratória de célula única, nenhum programa imune permaneceu significativo após correção para múltiplos testes. A proporção média de células T/NK recuperadas foi menor nas amostras de RRP que nos controles (8,35% vs. 37,08%; diferença = −28,74 pontos percentuais; p exato nominal = 0,0286; FDR = 0,1286; Hedges g = −1,47), com a mesma direção na análise de sensibilidade por transformação log-ratio centrada. Os controles foram muito heterogêneos: HC1 e HC2 continham apenas 0,56% e 0,03% de células epiteliais recuperadas, enquanto HC3 tinha 66,34%. Dentro do grupo T/NK, os escores citotóxicos CD8 e NK foram maiores na RRP que nos controles (Cohen d = 1,10 e 1,19), direção oposta à do tecido total, sem significância após correção. No grupo mieloide, o programa M2-like mostrou a maior diferença (diferença = 0,308; IC 95% 0,068 a 0,547; p nominal = 0,020; FDR = 0,102; d = 2,24) e o programa TGF-β também foi maior na RRP (diferença = 0,051; IC 95% −0,011 a 0,113; FDR = 0,231; d = 1,46), ambos exploratórios. A proporção de células mieloides recuperadas foi semelhante entre os grupos (6,10% vs. 3,27%; p = 0,400).

Após o INO-3107 (P3), quatro escores de programas imunes aumentaram significativamente: citotóxico associado a CD8 (diferença = 0,063; IC 95% 0,030 a 0,096; FDR = 0,0061; d_z = 0,90), citotóxico associado a NK (diferença = 0,048; IC 95% 0,020 a 0,076; FDR = 0,0087; d_z = 0,93), Th1/IFN-γ (diferença = 0,049; IC 95% 0,015 a 0,082; FDR = 0,0231; d_z = 0,68) e tráfego associado a CXCR3 (diferença = 0,057; IC 95% 0,014 a 0,099; FDR = 0,0322; d_z = 0,57). Os mesmos quatro programas aumentaram quando a análise se limitou aos 16 pacientes com amostras na semana 52, e a direção se manteve omitindo um par por vez; no subconjunto mais estrito de 14 pares, os quatro mantiveram escores maiores, mas sem significância após FDR. O programa TGF-β não mostrou mudança clara após o tratamento (diferença = −0,008; IC 95% −0,035 a 0,019; FDR = 0,803), e o programa M2-like também não teve mudança estatisticamente sustentada. Nenhum gene individual permaneceu significativo após correção, sugerindo que as mudanças envolveram grupos de genes e não um transcrito dominante.

Limitações

Os próprios autores apontam que as principais limitações decorrem do tamanho e do desenho dos conjuntos públicos disponíveis: a coorte de célula única tinha apenas quatro doadores com RRP e três controles, e nenhum achado de P2 ou S2 permaneceu significativo após correção FDR, com poder estatístico limitado pelo fato de haver apenas 35 atribuições possíveis de grupo e o menor p exato bilateral atingível ser 0,0286. O tecido de controle era mucosa faringopalatina, não mucosa laríngea pareada, e variou muito entre doadores. Informações clínicas como tipo de HPV, gravidade da doença, tratamento prévio e resposta terapêutica não estavam disponíveis de forma consistente nos conjuntos públicos, e o estudo do INO-3107 não tinha grupo controle, o que limita a interpretação causal das mudanças pós-tratamento. Os escores de programas descrevem padrões de expressão gênica e não medem função celular, e transcritos associados à citotoxicidade não são exclusivos de células T CD8 ou NK. A análise de P1 reexamina a mesma coorte já descrita por DeVoti et al., portanto não constitui confirmação independente, e os efeitos de P1 e P3 não foram comparados estatisticamente entre si, apenas descritos quanto à direção.

Para o pediatra

A RRP é causada sobretudo pelos HPV 6 e 11 e se manifesta por lesões laríngeas recorrentes, com disfonia, comprometimento da via aérea e necessidade de cirurgias repetidas, sem que a remoção cirúrgica elimine a infecção viral. O estudo não avaliou crianças nem trouxe dados de apresentação clínica ou de momento de encaminhamento; seu material é de análise de expressão gênica em tecido de papiloma de adultos e de doadores incluídos em conjuntos públicos, e as conclusões são sobre programas imunes locais, não sobre conduta pediátrica. O achado de que o tecido de papiloma não tratado mostra menor expressão de programas citotóxicos e maior expressão do programa de TGF-β ajuda a entender por que a doença persiste em pacientes sem imunodeficiência reconhecida, mas não altera, por si, a indicação cirúrgica nem o seguimento descritos na literatura pediátrica.

Para o especialista

Para quem indica e acompanha terapias dirigidas a HPV6/11, o estudo acrescenta a observação de que a remodelação imune associada ao INO-3107 não é uniforme: os programas efetores e de tráfego (citotóxico CD8 e NK, Th1/IFN-γ e CXCR3) subiram de forma estatisticamente sustentada nos 17 pares, enquanto os programas supressores TGF-β e M2-like não tiveram mudança comparável, o que sugere que reforçar a imunidade efetora antiviral pode não reduzir em paralelo os sinais supressores locais. O grau de confiança é limitado: trata-se de reanálise de dados públicos de um estudo de fase 1/2 de braço único, sem grupo controle e sem informação verificada de resposta clínica individual, de modo que as diferenças são descritas como associadas ao tratamento e não como efeito causal ou como normalização dos achados do tecido não tratado. A comparação entre os conjuntos foi apenas descritiva, sem teste estatístico direto, e a análise de célula única, exploratória e sem significância após correção, não explica a base celular dos escores menores no tecido total. Os autores propõem que estudos prospectivos com tecido de papiloma, mucosa laríngea normal pareada e sangue, com métodos espaciais e medidas de TGFB1/pSMAD, possam testar essas hipóteses e relacioná-las a frequência cirúrgica, intervalo entre cirurgias e escore de Derkay.

Referência

Jędruchniewicz N, Klimek T, Klimza H et al.. HPV6/11 Persistence and Treatment-Associated Immune Remodeling in Recurrent Respiratory Papillomatosis: A Cross-Cohort Transcriptomic Analysis. Viruses 2026.

DOI: 10.3390/v18101080 · PubMed: 42944000

Texto completo gratuito: doi.org, licença CC BY.

Matéria escrita pelo Fôlego a partir do texto completo em acesso aberto.